O projeto arquitetônico da Casa do Professor percorreu diversas instâncias do poder público até ser definitivamente aprovado no início de 2006. De autoria do arquiteto Rogério Dal Molin, o projeto foi destacado como exemplo de integração de uma construção moderna com um prédio histórico, a sede da Fundação Ecarta, da década de 30, localizado na esquina da Avenida João Pessoa com a Rua Lopo Gonçalves.

Pela preservação das características originais do prédio histórico, o projeto permaneceu em exposição no hall da Secretaria da Cultura. Sua aprovação, no entanto, foi marcada por exigências contraditórias, falta de comunicação entre os órgãos da prefeitura e um fato inusitado: o registro da existência de uma segunda casa no terreno onde está o prédio da Fundação. Essa segunda casa, na verdade, fica em outra esquina do bairro. Ao pesquisar a planta da casa da Fundação junto ao Arquivo Público Municipal, o arquiteto constatou que havia duplicidade de habite-se. Segundo Dal Molin, o erro, que persistiu durante mais de 60 anos, acabou desfeito porque ficou provado que a segunda casa, registrada como anexo ao prédio da Fundação, na realidade fica na esquina da João Pessoa com a Sebastião Leão.